地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯饰）的搭档。J应对的第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。
地球开始源源不断地出现祸威兽，祸威兽每次出现都会造成巨大的破坏。人类为了守护自己的家园，成立了祸特队。祸特队负责专门处理祸威兽的事情。在人类的共同努力下，陆陆续续出现的祸威兽都被人类给驱逐或者消灭了。随着时间的推移，祸威兽变得越来越难对付，人类政府的开销也变得越来越多。在某次人类与祸威兽的战斗中，一位神秘巨人的出现，引起了所有人的关注，甚至连外星人都参与进来了。
自从成为正义联盟中的一员，闪电侠巴里（埃兹拉·米勒EzraMiller饰）便成为一个日夜忙碌的超级英雄。可是虽然他已经具备了拯救世人的非凡能力，却依旧对自己既定的命运束手无策。父亲弑妻案（朗·里维斯顿RonLivingston饰）复审在即，关键证据又无法有效佐证。由于之前对战荒原狼时曾短暂超越光速穿越时空，巴里不顾蝙蝠侠（迈克尔·基顿MichaelKeaton饰）的劝阻，一路穿越到母亲遇害的那一天。他原本以为通过不起眼的小动作能够拯救母亲，却不曾想宇宙因为这个意外转折而发生蝴蝶效应。当巴里回到自己变成闪电侠的前夕，他发现父母健康快乐的生活，而海王、钢骨、戴安娜等超级战士似乎缺席了这个时代。更糟糕的是，追杀超人的佐德将军（迈克尔·珊农MichaelShannon饰）降临地球，他将在毫无阻碍的情况下毁灭世界……
